Die Gemeinde liegt im Tal des Mettauerbachs, einem Teil des Mettauertals und ist eine eigenständige Gemeinde. Geologisch gesehen gehört das Gemeindegebiet zum Übergangsbereich zwischen Tafeljura und Faltenjura. In der Hauptsiedlung leben rund zwei Drittel aller Einwohner. Das Gemeindeggebiet von Gansingen ist Teil des Juraparks Aargau, einem «Regionalen Naturpark von nationaler Bedeutung». Nachbargemeinden sind Mettauertal im Norden und Osten, Remigen im Südosten, Mönthal im Süden und Laufenburg im Westen.
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